Die Ernährung ist der wichtigste beeinflussbare Faktor für Zusammensetzung und Funktion des Darmmikrobioms. Besonders relevant ist eine regelmäßige Zufuhr vielfältiger pflanzlicher Nahrungsbestandteile, da sie als Substrat für fermentative Bakterien dienen. Ballaststoffe, resistente Stärke und weitere komplexe Kohlenhydrate fördern Cross-feeding-Netzwerke und die Bildung kurzkettiger Fettsäuren, insbesondere Butyrat, das eine wichtige Energiequelle für die Darmschleimhaut darstellt.

Nicht einzelne Lebensmittel, sondern die langfristige Vielfalt der Nahrungszufuhr ist entscheidend. Unterschiedliche pflanzliche Substrate fördern unterschiedliche bakterielle Funktionen. Einseitige Ernährungsmuster, stark verarbeitete Lebensmittel sowie dauerhaft sehr fett- oder proteinreiche Kost können dagegen funktionelle Verschiebungen begünstigen und die Diversität reduzieren.

Das Basisprofil berücksichtigt auch, ob ausreichend Verdauungsleistung vorliegt und welches Substratangebot tatsächlich im Dickdarm ankommt. Erhöhte Fett- oder Eiweißrückstände sowie eine erniedrigte Pankreaselastase sprechen dafür, dass zunächst die Verdauungsfunktion abgeklärt und unterstützt werden sollte, bevor eine gezielte Mikrobiommodulation im Vordergrund steht. Bei auffälligen Gallensäuren und erhöhtem Wassergehalt steht die Abklärung und Behandlung einer gallensäurebedingten Diarrhö im Vordergrund, weil ein dauerhaft sekretorisches Durchfallmilieu das Mikrobiom sekundär deutlich verschieben kann. In solchen Konstellationen ist die Normalisierung von Transit und sekretorischer Funktion häufig eine Voraussetzung, damit ernährungsmedizinische und probiotische Maßnahmen überhaupt stabil wirken.

Eine günstige Mikrobiomentwicklung hängt eng mit einer stabilen Darmbarriere und einer ausgewogenen Schleimhautabwehr zusammen. Hinweise auf Barrierebelastung, etwa über Alpha-1-Antitrypsin, und Zeichen erhöhter Immunaktivität oder Antigenstress, etwa über sIgA, sprechen dafür, den Fokus zunächst auf gut verträgliche, schrittweise Steigerung fermentierbarer Ballaststoffe, ausreichend Schlaf, Stressreduktion und eine entzündungsarme Ernährungsweise zu legen. Bei empfindlichen Personen ist ein vorsichtiges Vorgehen wichtig, da zu rasche Ballaststoffsteigerungen Symptome verstärken können. Bei Störungen der Darmbarriere sind zudem Maßnahmen sinnvoll, die die Kolonisationsresistenz stärken, also die Fähigkeit des Mikrobioms, opportunistische Keime zu verdrängen. Dies gelingt in der Regel über stabile SCFA-Netzwerke, ausreichend pflanzliche Vielfalt und die Reduktion hochverarbeiteter, zuckerreicher Kost.

Bei einer entzündlichen Schleimhautaktivität stehen die ärztliche Abklärung und Behandlung der Entzündung im Vordergrund. In solchen Situationen sollten Selbsttherapien nicht die Basisdiagnostik ersetzen.

Neben der Ernährung beeinflussen Medikamente und Lebensstil das Mikrobiom substantiell. Antibiotika können tiefgreifende und länger anhaltende Veränderungen verursachen und die Kolonisationsresistenz vorübergehend deutlich schwächen. Auch Säureblocker, Metformin und Psychopharmaka können das mikrobielle Profil beeinflussen.

Chronischer Stress, Schlafmangel und Bewegungsmangel stehen mit ungünstigen Mustern in Zusammenhang. Regelmäßige körperliche Aktivität wird in Studien mit höherer mikrobieller Diversität assoziiert und unterstützt häufig auch die Darmmotilität. Für eine nachhaltige Verbesserung sind deshalb Schlafrhythmus, Stressmanagement und Bewegung nicht nur Begleitmaßnahmen, sondern zentrale Bestandteile einer Mikrobiomstrategie.

Probiotische Präparate können in bestimmten Situationen sinnvoll sein, etwa nach Antibiotikatherapie oder bei ausgewählten funktionellen Beschwerden. Ihre Wirkung ist stammspezifisch und nicht universell. Bei ausgeprägter Diarrhö, starker Entzündungsaktivität oder deutlicher Maldigestion ist die Wirksamkeit häufig eingeschränkt, solange die zugrunde liegende Ursache nicht adressiert wurde.

Präbiotika liefern gezielt Substrate für bestimmte bakterielle Gruppen und können die Bildung kurzkettiger Fettsäuren fördern. Bei empfindlichen Personen können sie jedoch Symptome verstärken, weshalb ein vorsichtiges, schrittweises Vorgehen sinnvoll ist.

Supplemente wie Vitamine oder sekundäre Pflanzenstoffe können das Mikrobiom beeinflussen, sollten jedoch nicht isoliert, sondern im Gesamtkontext von Ernährung, Medikamenten und individueller Situation betrachtet werden.