Für die Interpretation dieser komplexen Befunde ist entscheidend, nicht die einzelnen Keime isoliert zu betrachten, sondern die biologischen Rollen und das zugrunde liegende Milieu zu verstehen. Daher werden die bakteriellen Marker gruppiert und in funktionelle Gruppen eingeordnet.
Gruppe A umfasst typische Bestandteile einer gesunden Darmmikrobiota. A1 beschreibt die dominanten Hauptstämme und gibt Hinweise auf die Grundstruktur der Mikrobiota. A2 umfasst weitere kommensale Gruppen, die zur mikrobiellen Vielfalt, Stabilität und ökologischen Resilienz beitragen.
Gruppe B enthält Marker, die bei tierproduktreicher Ernährung beobachtet werden und Hinweise auf ernährungsbedingte Verschiebungen der Mikrobiota liefern können.
Gruppe C bildet funktionelle Stoffwechselgruppen ab, die für eine koordinierte bakterielle Fermentation im Dickdarm zentral sind. C1 umfasst Bakterien, die komplexe Kohlenhydrate wie Ballaststoffe und Präbiotika abbauen und damit die Grundlage für Cross-Feeding-Netzwerke und eine günstige Fermentation schaffen. C2 umfasst Milchsäurebakterien und probiotikaassoziierte Taxa, die Laktat und antimikrobielle Faktoren produzieren und als Substratlieferanten für nachgelagerte Stoffwechselschritte dienen.
Gruppe D fokussiert auf Barrierefunktion und die Bildung gesundheitsrelevanter Metabolite. D1 umfasst barriereassoziierte Marker, die mit Schleimschicht, Muzinstoffwechsel und einer stabilen Schleimhautumgebung in Verbindung gebracht werden. D2 umfasst zentrale Produzenten kurzkettiger Fettsäuren – insbesondere Butyrat und Propionat –, die das Darmmilieu stabilisieren, die Nährstoffversorgung der Darmepithelzellen unterstützen und zur Kolonisationsresistenz beitragen.
Gruppe E beschreibt Marker, die Teil der Normalflora sein können, unter bestimmten Bedingungen jedoch an Bedeutung gewinnen. E1 umfasst entzündungsassoziierte Indikatoren. E2 umfasst Taxa, die je nach Stamm potenziell virulente Eigenschaften tragen können. E3 umfasst fakultative Anaerobier, deren Zunahme auf ein weniger strikt anaerobes Darmmilieu hinweisen kann, wie es bei Entzündung, Blutbeimengung oder gestörter Darmbarriere vorkommen kann. E4 umfasst überwiegend orale Bakterien, deren Nachweis im Darm als Hinweis auf Milieuverschiebungen und eine reduzierte Kolonisationsresistenz interpretiert werden kann. E5 umfasst Bakterien, die typischerweise der Genital-, Atemwegs- oder Hautflora entstammen und im Darm meist als Transienten oder als Zeichen eingeschränkter ökologischer Stabilität eingeordnet werden.
Candida-Arten sind Hefepilze, die in geringer Abundanz zur transienten intestinalen Begleitflora zählen können. Die Ausbreitung wird begünstigt durch reduzierte Kolonisationsresistenz, verändertes Substratangebot, Antibiotikagabe oder eine geschwächte mukosale Abwehr.
Ein erhöhter Nachweis ist unspezifisch und beweist keine Infektion. Klinische Relevanz entsteht vor allem dann, wenn gleichzeitig eine Dysbiose mit Zunahme opportunistischer Gruppen vorliegt (E3-Marker) oder wenn Schutznetzwerke reduziert sind, insbesondere D2-Marker. Sekretorisches IgA hilft bei der Einordnung, ob eher Antigenstress oder eine abgeschwächte mukosale Abwehr im Vordergrund steht.
Schimmelpilze gelangen über Nahrung, Umweltkontakt oder transienter Passage in den Gastrointestinaltrakt und sind daher im Stuhlbefund häufig nicht gleichbedeutend mit einer intestinalen Kolonisation. Ein isolierter Nachweis ist meist unspezifisch. Die Einordnung erfolgt zusammen mit Barriere- und Entzündungsmarkern: Bei gleichzeitig erhöhtem Calprotectin oder erhöhten E3-Markern ist eher an eine aktive Belastung zu denken. Bei unauffälligen Entzündungsparametern liegt eher eine transiente Passage vor.
Dieser hefeähnliche Pilz kann im Darmtrakt transient auftreten oder Teil einer opportunistischen Begleitflora sein. Sein Nachweis wird von Ernährung, Transit und Kolonisationsresistenz beeinflusst. Der Marker ist vor allem bei gleichzeitiger Dysbiose und Störung der Darmbarriere relevant, als Kombination aus niedrigem sekretorischem IgA oder hoher Antigenlast mit erhöhten E3- und erniedrigten D2-Markern.